Hierdie is die 2e oudste gemeente in SA en is in 1686 gestig. Ds. Johannes Overney was leraar in Kaapstad en het die gemeente 3 maandeliks besoek. Ander dienste is deur die sieketrooster - "Mankadan" - waargeneem. In 1687 is die hoeksteen vd 1e kerkgebou gelê en danksy goeie samewerking tussen gemeentelede en Goew. Simon vd Stel is die kerkgebou in Oktober 1687 ingewy. Die 1e permanente leraar was Ds. van Loon (1700-1704) maar hy pleeg selfdood sonder dat iemand weet wat hom daartoe gedryf het. Verskeie predikante uit Nederland is as leraars in Stellenbosch geplaas maar die gemeente was dikwels vir lang periodes sonder predikant.
Ds. Meent Borchards egter, was vanaf 1786 tot 1832 die leraar. Hy het begin met 'n selaris van £70/jaar wat in 1828 £300/jr. geword het. Dit was nie voldoende vir die onderhoud van sy groot gesin nie en hy het met skryfwerk sy selaris aangevul. Hy was ook die eienaar van "La Gratitude" waaruit hy ook geld verdien het. Hy is opgevolg deur Ds. Tobias Herold (1832-1857). Uit sy nageslag was daar 'n groot aantal predikante en predikantsvroue. Beide die leraars het die gemeente met groot seën gedien.
Ds. JH Neethling volg hulle op, 1858-1904. Ook hy vermag baie tydens sy bediening. Carl Otto Hager word opdrag gegee om die bestaande kerk te vergroot en die resultaat is die pragtige gebou wat vandag nog gebruik word. Verder is hy verantwoordelik vir die totstandkoming vd Hoër Jongenskool en saam met Proff. John Murray en Hofmeyer ook vir die Victoria-kollege. Hy het ook 'n uitsonderlike rol in die sending gespeel waar hy sekretaris vd sending-genootskap was.
Tydens die dienstydperke vd volgende twee leraars, Ds. Botha (1904-1927) en Ds. Tobie Muller (Hulpprediker, 1913-1916) is baie gedoen i.v.m. jeugbediening. Die groeiende aantal studente op die dorp het 'n ekstra leraar genoodsaak.
Ds. Muller het sterk standpunte oor nasionalisme en Afrikaans as voertaal gehandhaaf. Soveel so dat, toe aan hom die Rhodes-beurs toegeken is, hy dit van die hand gewys het weens Rhodes se imperialistiese siening. Hy was ook sterk gekant teen SA se deelname aan die 1e wêreldoorlog en om dit te onderstreep lei hy 'n kerkdiens in Afrikaans. Die kerkraad berispe hom en hy dien sy bedanking in. Op 'n spesiale kerkraadsvergadering word hy oorreed om sy bedanking terug te trek en hy onderneem om nie weer in Afrikaans vd kansel af te preek nie!! In 1916 aanvaar hy 'n beroep na Philippolis. Ds. GBA Gerdener word in sy plek beroep.
Die bestaande kerkgebou was toe reeds veels te klein en 'n 2e kerkgebou moes opgerig word. Op 19 Maart 1927 word die hoeksteen gelê en in 1928 ingewy. Die kerk sou voortaan as die "Studentekerk" bekend staan.
Soos Chris Lamprecht sinoniem met die Pretoria-Oos, en later met die Studente gemeente was, was Prof. Gawie Cilliers, orrelis, vir meer as 2 dekades sinoniem met die Stellenbosch moedergemeente.
In 1953 is daar 'n nuwe orrel in gebruik geneem, die eerste sedert 1863.
Die huidige loodglasvensters was nie aanvanklik deel vd gebou nie. Die projek is in 1962 voorgestel en 'n argitek van Pretoria, Leo Theron, is gevra om die ontwerp en vervaardiging te doen. 'n Voorwaarde was dat die resultaat 'n Bybelse tema moes uitbeeld. in 1967 is die 1e venster installeer, In 1989 die 4 "Ek is" vensters, in 1996 2 groot vensters, "Hoop en Liefde", in 1998 volg 2 kleiner vensters en die laaste venster, agter en bokant die kansel, is in die 2000's installeer. Vandag kan die kerk kwalik sonder die vensters voorgestel word.
